L'aeroporto di Pisa è il principale scalo della Toscana ed è intitolato a Galileo Galilei. L'aeroporto precedentemente destinato a usi militari e in seguito passato ai voli commerciali è di piccole dimensioni ma possiede una più ampia pista di atterraggio rispetto all'aeroporto del capoluogo Firenze. L'aerostazione è situata vicino alla città e quindi facilmente raggiungibile attraverso i mezzi pubblici, sia treno che autobus. Su Pisa fanno rotta molte compagnie aeree e la città è collegata alle principali città europee anche grazie ai voli low-cost. Da segnalare le rotte per New York della compagnia Delta Airlines e per Mosca della compagnia Aeroflot.